São três principais linhas de pesquisas no EcoTropics, que por sua vez compreendem uma série de possibilidades de investigação em cada uma delas:

 

1)    Ecologia Vegetal

 

​Nessa linha de pesquisa estão incluídas investigações sobre padrões e processos de populações e comunidades vegetais da Caatinga e de Brejos de Altitudes (Florestas Estacionais), e suas relações com fatores abióticos (clima, solo, relevo etc), funcionais e filogenéticos, além de estudos de Ecofisiologia Vegetal e Agroecologia.

 

2)     Etnoecologia

 

Nessa linha de pesquisa estão incluídas investigações sobre dinâmicas sócios ecológicas, saberes e conhecimentos tradicionais, locais e ecológicos, etnobotânica, etnobiologia evolutiva, relações metodológicas complementares de ecologia e a etnobiologia, etnobotânica urbana, entre outras.

 

3)    Ecologia Integrativa

 

Nessa linha de pesquisa estão incluídas investigações teóricas e aplicadas sobre ecologia profunda, ecosofia, filosofia da natureza, ética ambiental, bioética, estudos de percepção ambiental, conservação da natureza, ecopsicologia, bem-estar subjetivo x conexão com a natureza e por fim, relação ser humano-natureza e conservação.